胡先骕（右二）与胡适（中）的合 影，胡适题为“皆兄弟也”。

　　胡先骕被毛泽东称为“中国生物学界的老祖宗”，是名副其实的，正是他开创了中国植物学的教育和研究事业，是他创立了中国大学的第一个生物系、中国第一个生物研究所，抗战期间（1940 1944年），他还做过故乡江西的中正大学校长，一度对蒋介石有过好感，能对蒋直言相告，对国民党的腐败提出批评，蒋对他也很尊重，然而终究渐行渐远。

　　胡先骕主持中正大学的三年半，不许国民党党、团分子到大学内活动，在他看来，“党”是“江西王”熊式辉的党，“团”是在赣南自成一统的小蒋———蒋经国的团，他不愿受他们的控制。他不要学生参加政治活动，只要把学业搞好即可。有一次他听完该校文法学院院长马博厂的学术报告，直率地批评“想不到马院长不学无术，一至于此！”一次有50多学生患疟疾，半数不治，他在公祭时失声恸哭。又一次，有两名学生遭遇日军，壮烈牺牲，他扶棺大哭。这样的校长自然得到学生的拥戴。

　　1942年夏天，日军进犯江西东部，中正大学曾在赣州设立分校，招收一年级学生。蒋经国想要中正大学整个迁往赣州，以扩大自己的影响。小蒋请他到赣州，殷勤招待，言谈之中隐隐露出这个意思，他竟以迁校困难为由淡淡地拒绝。1943年春天，胡先骕不在校期间，学生与江西党报《民国日报》的记者发生纠纷，记者在报上刊出文章，贬损中正大学，引起学生愤怒，砸了报馆。老蒋下手谕要求严惩肇事学生。胡了解了事情起因，未开除学生，只是给学生记大过处分。

　　此后，小蒋去重庆时向老蒋进言，说中正大学办得很糟糕，结果导致胡先骕于1944年春天被迫辞职。他自述是老蒋下手谕逼他辞职，全体教授打电报挽留无效。竺可桢日记中也说，胡不是辞职，实为免职，“近因由于蒋经国至都后报告中正大学办得很坏”，老蒋遂写信给熊式辉，熊当然只有向教育部提出换人了。这件事即使蒋所信赖、时任教育部长的陈立夫也不满，胡先骕后来听人说，陈为了此事曾说过：“伺候一个人已经够了，难道还要伺候人家的儿子吗？”